Entre los problemas identificados se encontraron deficiencias de carácter técnico y reiteradas fallas en la comunicación de los resultados. En las pruebas que no pudieron ser analizadas por 107 laboratorios públicos y privados que operan en el país, los organismos de control evidenciaron las siguientes fallas:

- 2.340 fueron rechazadas por cantidad insuficiente

- 1.556 estaban derramadas

- 2.476 se encontraban sin identificación del paciente, con inconsistencias en la rotulación o sin formularios de entrega de muestras

- 1.169 no cumplían con la cadena de frio y temperatura

- 927 presentaron fallas en el diligenciamiento de la ficha epidemiológica y remisión de estas

- 69 se entraron con más de 72 horas de la toma de las muestras, y

- 10. 011 presentaron otras causas como fallas en el embalaje, transporte inadecuado, muestras contaminadas, dañadas, o no llegaban las muestras.

A pesar de que las advertencias se vienen haciendo desde el inicio, aún persisten las fallas lo que afecta la efectividad la capacidad de respuesta del sistema de salud para atender a los afectados.

Cerca de 19.000 ciudadanos se quedaron sin conocer los resultados de las muestras que le tomaron y es posible que hayan transmitido el virus por no tomar las medidas necesarias para romper la cadena de contagios, a pesar de que el sistema de salud sí incurrió en los costos de las pruebas.

El contralor General, Carlos Felipe Córdoba, y el procurador, Fernando Carrillo, advirtieron que estos factores agravan la situación de la pandemia y vulneran el derecho fundamental a la salud de los colombianos.