Habbib renunció, una vez la procuradora se enteró sobre la investigación que pesa en su contra por lo que le pidió que abandonara el cargo, debido a que eso le genera inhabilidad para ejercer funciones en el ente de control que la indaga.

En noviembre de 2019, la Procuraduría formuló pliego de cargos a cinco exfuncionarios de la Aeronáutica por presuntas irregularidades en el estudio, diseño y mantenimiento de los aeropuertos Guaymaral, Florencia y San Vigente del Caguán, en una contratación por más de $16.000 millones. Entre esas funcionarias se encuentra Habbib, quien fungió como directora financiera.

La formulación de cargos también cobijó al exsecretario de Sistemas Operacionales de la Unidad Administrativa Especial de la Aeronáutica, Luis Guillermo Restrepo Cardona, quien fue delegado para adjudicar la licitación pública, y de los miembros del comité evaluador Jaime Andrés Caicedo Berrio, en su condición de asesor de la Dirección Desarrollo Aeroportuario, Luisa Fernanda Mora Mora, jefa de la Oficina Asesora Jurídica, y Juan Pablo Restrepo Castrillón, director Administrativo y secretario del Comité de la Unidad Administrativa Especial.

En ese entonces, el órgano de control le reprochó a Habbib y a los miembros del comité evaluador por participar en actividad contractual, al parecer, desconociendo el principio de transparencia que desarrolla el deber de selección objetiva, al otorgar mediante el Acta No. 034 del 19 de mayo de 2015 un puntaje por factor de calidad que no correspondía al Consorcio Aeropistas S.A.

Además, la Procuraduría cuestionó la adjudicación del proceso en el que, al parecer, favorecieron una propuesta en particular que no era la más conveniente para la entidad.