Actualmente, el coronel se encuentra condenado y recluido, pero podría conseguir una rebaja de su pena actuando como testigo contra varios uniformados vinculados a ejecuciones extrajudiciales.

Comentarios de opinión generaron grandes confusiones al relacionar dichas denuncias con la reforma constitucional del fuero militar y con la posibilidad de que Borja, sea juzgado por la justicia castrense.

Aclaremos de una buena vez esta confusión: Para que la justicia penal militar pueda actuar, nuestro ordenamiento demanda dos requisitos: 1. Que la persona acusada sea miembro activo de la fuerza pública y 2. Que su acción u omisión, guarde relación con el servicio y sus funciones militares. Los hechos de extorsión conocidos, no guardan ninguna relación ni con la defensa de la soberanía nacional, o de la integralidad del territorio colombiano, ni buscan mantener el orden constitucional o defender derechos y libertades públicas reconocidas, es decir, con las finalidades propias de la fuerza pública.

Es imperioso, que distingamos entre el sujeto y su actividad. Esto, para mantener el carácter especial del derecho penal militar que como lo anota la Corte Constitucional es excepcional, y en ningún caso sustituye el Derecho Penal Común.   

Dicho de otra manera, el fuero al que tiene derecho un miembro de la fuerza pública se pierde cuando su actividad lo lleva a cometer delitos que nada tienen que ver con sus funciones castrenses. Así según la Corte, el hecho de ser militar o policía, no incluye la virtud de convertir un delito común en un acto relacionado con el servicio.